Mengikuti Little Busters setelah mereka kalah dalam pertandingan bisbol pertama mereka, tim ini memutuskan untuk mengadakan pesta pancake. Sudah hampir satu semester sejak kembalinya Kyousuke Natsume. Seperti biasa, Riki Naoe terus membantu para anggota Little Busters-baik yang lama maupun yang baru-dalam menghadapi pergulatan batin mereka. Namun, kejadian-kejadian aneh mulai terjadi, membuat Rin Natsume dan Riki semakin dekat untuk mengungkap kebenaran di balik “rahasia dunia ini.”

Tanpa disadari oleh Rin dan Rikki, penemuan mereka akan mengubah kehidupan sehari-hari yang damai yang diciptakan oleh Little Busters untuk selamanya. Little Busters!: Refrain membawa kesimpulan pada kisah-kisah penuh warna dari para pemeran ensembelnya-yang ditempa oleh beban emosi dan diperkuat oleh ikatan persahabatan-saat mereka berdamai dengan penyesalan dan kelemahan mereka.