Sepuluh tahun setelah mengalami kekalahan dalam Perang Cawan Suci Keempat, Waver Velvet, yang kini menjadi Lord El-Melloi II, mengajar di Clock Tower-pusat pendidikan para penyihir. Namun, status barunya sebagai Lord datang dengan sebuah peringatan: patuhi perintah Reines, adik perempuan almarhum Kayneth El-Melloi, hingga ia cukup umur untuk memerintah House of El-Melloi.

Waver, bersama dengan muridnya yang misterius, Gray, menangani serangkaian kasus yang ditugaskan oleh Reines dan Asosiasi Penyihir. Dengan setiap kasus yang terbukti lebih rumit dari kasus sebelumnya, mungkinkah ada lebih banyak hal di Menara Jam daripada yang terlihat, dan rahasia apa yang disembunyikan Reines?