Para penyihir terkemuka Nanoha Takamachi, Fate Testarossa, dan Hayate Yagami kini bekerja sebagai personel militer di Biro Administrasi Waktu dan Ruang di planet Midchilda, setelah menyelesaikan studi mereka di Bumi dalam sepuluh tahun terakhir sejak insiden “Buku Kegelapan”.

Suatu hari, ketiganya membantu Biro menanggapi kebakaran bandara yang parah, namun usaha mereka tidak diakui. Serangkaian peristiwa naas mendorong Hayate untuk membentuk unit elit Riot Force 6, yang menangani kasus-kasus terkait keamanan publik serta benda-benda sihir berbahaya yang dikenal sebagai Lost Logia. Di sana, trio tersebut bekerja bersama rekrutan berbakat Subaru Nakajima, Teana Lanster, Caro Ru Lushe, dan Erio Mondial, yang menjalani latihan berat untuk memenuhi ekspektasi sambil mengatasi rintangan dan mencapai tujuan pribadi.

Namun, menjalankan misi mereka terbukti menjadi perjuangan yang konstan. Bertarung melawan musuh yang memanfaatkan Lost Logia dan menghadapi kritik dari dalam Biro, Riot Force 6 dengan cepat menemukan diri mereka kewalahan.