Madoka Kaname dan Sayaka Miki adalah gadis-gadis sekolah menengah biasa dengan kehidupan yang biasa-biasa saja, namun semua itu berubah saat mereka bertemu dengan Kyuubey, seorang teman akrab ajaib yang mirip kucing, dan Homura Akemi, murid pindahan.

Kyuubey menawarkan sebuah tawaran kepada mereka: dia akan mengabulkan salah satu permintaan mereka dan sebagai gantinya, mereka masing-masing akan menjadi seorang gadis ajaib, mendapatkan kekuatan yang cukup untuk memenuhi impian mereka. Namun, Homura Akemi, seorang gadis ajaib, mendesak mereka untuk tidak menerima tawaran itu, dengan menyatakan bahwa semuanya tidak seperti yang terlihat.

Sebuah kisah tentang harapan, keputusasaan, dan persahabatan, Mahou Shoujo Madoka★Magica membahas tentang kesulitan menjadi seorang gadis penyihir dan harga yang harus dibayar untuk mewujudkan mimpi.