MS igLoo 2 kembali ke MS igLoo pertama dan menceritakan kisah pasukan Federasi yang harus bertarung melawan Zakus yang mengerikan. Setiap episode mengisahkan cerita seorang prajurit Federasi yang dikutuk oleh Dewa Kematian yang turun ke bumi bersama Zakus, dan memperlihatkan perjuangan putus asa melawan mobile suits dengan senjata konvensional seperti tank dan misil. Setiap prajurit, yang termotivasi oleh dendam dan dengan Dewa Kematian yang mengintai di punggung mereka, bertarung melawan keunggulan yang menakutkan dari Zaku.