Setelah kematian orang tuanya, Yuuto Amakawa menjalani kehidupan yang biasa-biasa saja di kota. Satu-satunya masalah yang harus dikhawatirkannya saat bersekolah bersama Rinko, tetangga sebelahnya, adalah alergi kucing. Semua itu berubah pada hari ulang tahunnya yang keenam belas, ketika seekor Ayakashi-makhluk gaib-menyerangnya karena dosa-dosa nenek moyangnya. Untungnya, dia diselamatkan oleh Himari, seorang wanita kucing misterius dengan pedang, yang menjelaskan bahwa Yuuto adalah keturunan keluarga pembunuh iblis, dan dia ada di sana untuk melindunginya sekarang karena jimat yang membuatnya tersembunyi dari kekuatan gaib dunia telah kehilangan kekuatannya.

Omamori Himari mengisahkan hubungan Yuuto dengan berbagai kekuatan dunia gaib, serta semakin banyaknya wanita yang muncul di depan pintunya, masing-masing dengan hasrat gelap mereka sendiri. Akankah Yuuto dapat menyesuaikan diri dengan lingkungan barunya yang “menarik”? Atau akankah hantu masa lalunya (leluhurnya) menyusulnya?