Setahun setelah kejadian di Sanctuary, Subaru Natsuki berlatih keras untuk menghadapi tantangan masa depan dengan lebih baik. Hari-hari yang damai berakhir ketika Emilia menerima undangan untuk bertemu di Kota Watergate Priestella dari Anastasia Hoshin, salah satu pesaingnya dalam pemilihan kerajaan. Mengingat pentingnya pertemuan itu dan potensi bahaya yang mungkin dihadapi Emilia, Subaru dan teman-temannya menemaninya.

Namun, saat Subaru berhubungan kembali dengan rekan dan sahabat lama di Priestella, musuh baru yang tangguh muncul. Didorong oleh motivasi fanatik dan terlibat dalam metode kejam untuk mencapai ambisi mereka, musuh baru itu menargetkan Emilia dan mengancam keberadaan kota itu. Mengumpulkan sekutunya, Subaru harus mengerahkan seluruh kemampuannya sekali lagi untuk menghentikan tujuan jahat mereka menjadi kenyataan nyata.