Selama peristiwa Rozen Maiden yang asli, setelah melingkari “ya” di atas kertas dan setuju untuk memutar “sesuatu” yang tidak diketahui, Jun Sakurada yang mengalami trauma bertarung bersama boneka-boneka hidup yang dikenal sebagai Rozen Maiden. Namun, apa yang akan terjadi jika Jun melingkari “tidak”?

Jun, yang telah berhasil mengatasi trauma sekolahnya di masa mudanya, menghabiskan waktunya untuk kuliah dan bekerja di sebuah toko buku. Namun, dia tidak merasa berada di mana pun. Suatu hari, dia menemukan sebuah buku yang berisi instruksi tentang cara membuat Rozen Maiden. Secara misterius, ketika dia tiba di rumah malam itu, volume kedua dari seri buku tersebut telah dikirim ke rumahnya, bersama dengan beberapa potong boneka. Namun, tiba-tiba saja buku-buku itu berhenti datang, dan Jun mendapat pemberitahuan bahwa buku-buku itu sudah tidak lagi diterbitkan. Dengan sebuah boneka yang belum lengkap, dan sebuah pesan dari dirinya yang lain di dunia lain, Jun pun menemukan jalan masuk ke dalam dunia Rozen Maiden.