Terluka secara psikologis akibat pengalaman di sekolah, Jun Sakurada menghabiskan hari-harinya di rumah sebagai seorang yang mengurung diri, berbelanja online, dan mengembalikan barang-barang tersebut sebelum masa uji coba gratis berakhir. Ketika sebuah catatan muncul di mejanya, menanyakan apakah dia akan memutar sesuatu, dia mengira itu adalah barang yang dia pesan dan dengan sembarangan menandai “ya,” yang mengubah hidupnya selamanya.

Sebuah kotak tiba dengan boneka yang bisa diputar di dalamnya, tetapi ini bukan mainan biasa: setelah Jun memutarnya, boneka itu mulai berjalan dan berbicara seperti orang biasa. Dengan sikap sombong, dia memperkenalkan diri sebagai Shinku, boneka kelima dalam koleksi Rozen Maiden, sekelompok boneka khusus yang dibuat oleh pembuat boneka legendaris Rozen. Para saudara perempuan ini harus bertarung satu sama lain dalam kompetisi bernama Alice Game dengan bantuan manusia untuk memastikan kemenangan. Pemenang menjadi Alice, seorang gadis sungguhan yang layak bertemu dengan penciptanya.

Seiring dengan semakin banyaknya boneka yang memiliki kesadaran tinggal di rumah Jun, dan musuh dari masa lalu Shinku muncul, kehidupan Jun menjadi jauh lebih rumit daripada yang pernah ia bayangkan.