Pada akhir abad ke-19, seiring dengan berakhirnya masa kejam di zaman Bakumatsu, era Meiji yang baru menandai era restorasi Jepang. Dengan berakhirnya perang, pahlawannya yang terkenal, Hitokiri Battousai, menghilang begitu saja, dan hanya menyisakan legendanya saja.

Bertahun-tahun kemudian, seorang pengembara yang tampak biasa-biasa saja bernama Kenshin Himura bertemu dengan Kaoru Kamiya, pemilik sebuah dojo lokal yang sedang mengalami kesulitan di Tokyo. Kaoru mengejar seorang yang memproklamirkan diri sebagai Battousai yang berkeliaran di jalanan, tanpa pandang bulu membunuh warga dan petugas polisi. Selain itu, sang pendekar mengaku menggunakan Kamiya Kasshin-ryu-jurus pedang yang dikembangkan oleh ayah Kaoru yang berakar kuat pada esensi kehidupan, bukan kematian.

Kenshin memutuskan untuk membantu Kaoru mengalahkan penipu itu dan mengembalikan dojo ayahnya. Tanpa sepengetahuan semua orang, Kenshin tidak lain adalah pendekar sejati yang namanya masih ditakuti banyak orang. Meskipun Kaoru akhirnya mengetahui kebenarannya, sumpahnya untuk menebus sejarah pembunuhannya dengan melindungi mereka yang lemah tanpa berdarah menggerakkan hatinya, dan dia menyambut Kenshin untuk tinggal di dojo-nya. Namun, cita-cita Kenshin segera ditantang oleh hantu-hantu masa lalu dan musuh-musuh masa kini.