Minato Sahashi, seorang pemuda berusia 19 tahun yang berjuang keras namun cerdas, telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk kedua kalinya, sehingga dia dianggap tidak berguna oleh orang-orang di sekitarnya. Namun, jalannya masa depan yang tampaknya suram itu berubah drastis ketika seorang wanita cantik dan supernatural jatuh dari langit dan masuk ke dalam hidupnya. Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai “Sekirei,” makhluk humanoid alien dengan kemampuan luar biasa. Alien-alien ini dikenal karena mencium manusia yang membawa gen Ashikabi untuk membangkitkan kekuatan laten yang tersembunyi di dalam diri mereka.

Mengenali potensi dalam pemuda yang tampaknya tidak berarti itu, Musubi mencium Minato yang bingung, memulai ikatan di antara keduanya. Hal ini menyeretnya ke dunia berisiko tinggi Sekirei, di mana dia dan mitra barunya harus bersaing melawan orang lain dalam pertempuran bertahan hidup yang disebut “Sekirei Plan.” Namun, tanpa disadari para peserta, ada risiko yang jauh lebih besar daripada yang awalnya dijanjikan oleh kompetisi tersebut.