Setelah kematian ibunya yang mendadak, seorang siswa sekolah dasar, Chihiro Komiya, tidak memiliki rumah dan keluarga. Namun hal ini berubah ketika dia bertemu dengan orang asing yang kaya dan sembrono yang ternyata adalah pamannya yang telah lama hilang, Madoka Takatori. Madoka menawarkan untuk membawa Chihiro tinggal di rumahnya, namun setibanya di rumah pamannya yang berkelas, bocah laki-laki ini disambut oleh banyaknya debu dan sampah. Saat naluri Chihiro yang suka beres-beres muncul, dia mulai membersihkan seluruh rumah.

Shounen Maid adalah komedi ringan yang mengikuti Chihiro saat ia mengenakan seragam berenda (buatan tangan pamannya), menerima gaji, dan bekerja sebagai pembantu rumah tangga.