Pertempuran terakhir melawan Dark Territory terus berlangsung, saat para pemain dari seluruh dunia membanjiri server Underworld dan membuat Kekaisaran Manusia mengalami kekacauan. Asuna Yuuki dan teman-temannya mempertahankan sekutu baru mereka dengan semua yang mereka miliki, tetapi jumlah mereka terus berkurang. Sementara itu, Alice Zuberg menuju ke Altar Akhir Dunia sementara Gabriel “Vecta” Miller terus mengejarnya.

Sementara itu, anggota Rath menyusun strategi untuk memulihkan fluctlight Kirito yang rusak. Namun, para penyusup yang menduduki ruang kontrol utama memiliki rencana lain. Dikelilingi oleh kematian dan keputusasaan, ketika semua harapan tampaknya telah hilang, satu suara menjangkau Kirito-suara yang tidak asing lagi yang mengatakan, “Aku akan selalu berada di sisimu.”

Sword Art Online: Alicization – War of Underworld Musim ke-2 adalah kesimpulan epik dari mimpi Akihiko Kayaba untuk menciptakan kecerdasan buatan manusia. Sekarang terserah pada Kirito dan teman-temannya untuk melindungi dunia yang sedang runtuh ini dari orang-orang yang masih menganggapnya sebagai permainan.