Meskipun kembali sebagai pemenang dari perjuangan yang berbahaya, Kanata dan teman-temannya, dalam arti tertentu, telah kehilangan sekutu utama, magus amnesia Noir. Setelah sebagian ingatannya pulih, Noir kembali ke kepribadiannya yang dulu: Mystere, yang bertindak dengan cara yang merendahkan terhadap tuannya Kanata. Namun, Mystere ingat mendeteksi sinyal dari Histoire, sebuah kota mistis, selama kehidupan sebelumnya sebagai magus dengan kecerdasan buatan.

Sementara itu, Tokio menghilang dari Rock Town saat memburu hantu masa lalunya; namun, pengungkapan yang mengejutkan menanti semakin dalam pencariannya. Saat Kanata, teman masa kecilnya Ellie, dan magus diva Ciel berangkat ke Histoire, sebuah organisasi yang bermusuhan bernama Ideal mengirim pembunuh untuk mengejar mereka. Jika Kanata ingin memiliki kesempatan untuk mencapai mimpinya, ia harus mengungkap kebenaran yang tidak menyenangkan tentang Ideal—dan beberapa sekutu terdekatnya.