Dua dunia ada, keduanya tak menyadari keberadaan dunia lainnya. Agar satu dunia dapat berkembang, dunia lainnya harus musnah. Di dunia yang sedang musnah tersebut, seorang Terpilih dikirim dalam perjalanan untuk memulihkan mana dunia tersebut dengan membangkitkan para Roh dan menjadi malaikat. Colette Brunel, Sang Terpilih dari Sylvarant, memulai perjalanannya ditemani oleh sahabat-sahabatnya, Lloyd Irving dan Genis Sage. Semakin jauh mereka melangkah, mereka bertemu lebih banyak teman dan bahkan lebih banyak musuh, sembari mereka semakin memahami kebenaran di balik Regenerasi Dunia.