Tokiyuki Houjou yang berusia 8 tahun, penerus Keshogunan Kamakura berikutnya, adalah seorang anak muda yang tidak memiliki bakat dalam segala hal selain petak umpet. Suatu hari, kehidupan riangnya tiba-tiba berubah ketika Takauji Ashikaga secara brutal merebut kekuasaan dari Kamakura, mengakhiri pemerintahan mereka. Diselamatkan oleh seorang pendeta yang mengaku sebagai pendeta kenabian, Tokiyuki berhasil melarikan diri dengan nyawanya. Sekarang dia harus menghindari orang-orang yang mencoba membunuhnya sambil merekrut rekan-rekan yang dapat membantunya mengembalikan Keshogunan Kamakura ke kejayaannya.

Berlatar periode Nanboku-chou dalam sejarah Jepang, Nige Jouzu no Wakagimi adalah kisah penebusan, yang mendokumentasikan kehidupan pahlawan terlupakan yang mengubah takdir Jepang dengan melarikan diri.