Kota Akademi, Jepang, berada di garis depan ilmu pengetahuan. Selain secara teknologi unggul 30 tahun di depan dunia, lebih dari tiga perempat penduduk kota unik ini terdiri dari siswa yang mengembangkan kemampuan psikis mereka sebagai esper di berbagai institusi. Di antara siswa-siswa tersebut ada Touma Kamijou, seorang remaja SMA dengan peringkat psikis terendah, yaitu nol, namun memiliki kekuatan misterius yang tidak dapat dipahami oleh para ilmuwan: “Imagine Breaker,” yang memungkinkan dia untuk meniadakan kemampuan supranatural lainnya.

Namun, hal ini tidak mempengaruhi kehidupan Kamijou sama sekali saat dia berperan sebagai remaja biasa; hingga dia bertemu dengan Index Librorum Prohibitorum yang aneh, seorang gadis muda yang telah menghafal seluruh grimoire terlarang, dan kini organisasi berbahaya sedang memburunya. Dengan beberapa penyihir yang ingin menyakiti gadis itu, Kamijou akan melindungi teman barunya dengan segala cara saat ia menemukan dunia supranatural yang aneh dan baru.