Tiga tahun sejak kembalinya Kapal Perang Luar Angkasa legendaris Yamato, Bumi telah mulai membangun kembali dirinya sendiri dan berdamai dengan bangsa Gamil. Namun, pemulihan ini harus dibayar dengan menggunakan teknologi Gerakan Gelombang terlarang.

Sementara itu, para mantan awak kapal Yamato yang terkenal kejam, yang masing-masing telah berpisah, menerima pesan psikis dari Dewi Teresa yang misterius. Dia mendesak mereka untuk kembali ke kapal yang mereka cintai dan melakukan perjalanan ke planet Terezart yang jauh. Mereka dijanjikan kekuatan revolusioner untuk memerangi ancaman Kekaisaran Gatlantis yang tak kenal ampun, yang mendekati Bumi dengan niat yang tak berdosa.

Tidak dapat menolak permintaannya, para kru berkumpul kembali dan berlayar dalam pelayaran antar galaksi yang berbahaya, yang akan menguji keberanian dan keserbagunaan mereka dalam menghadapi musuh yang lebih besar.