Beristirahat sejenak dari hiruk pikuk Tokyo, Souta Tawara kembali ke kampung halamannya di Kagawa. Meskipun orang tuanya sudah tidak ada lagi, bekas rumah dan restoran udon milik keluarganya mengingatkannya akan masa-masa ketika keluarganya masih bersama. Mengenang masa kecilnya, Souta memasuki restoran udon dan menemukan seorang anak laki-laki yang sedang tertidur.

Pada awalnya, Souta tidak berpikir apa-apa tentang pertemuan kebetulan itu dan memberi anak laki-laki itu makanan dan pakaian. Namun, yang mengejutkannya, anak laki-laki itu tiba-tiba menumbuhkan sepasang telinga berbulu dan ekor! Souta segera mengetahui bahwa anak laki-laki tanpa nama itu sebenarnya adalah tanuki yang dikabarkan dapat berubah bentuk yang telah menghuni Kagawa selama bertahun-tahun. Berpikir bahwa anak laki-laki itu telah menjalani kehidupan yang kesepian, dia memutuskan untuk memungutnya dan menamainya Poko.

Udon no Kuni no Kiniro Kemari mengikuti hubungan yang mengharukan antara Souta dan Poko, dan melalui waktu yang mereka habiskan bersama, Souta mengingat masa lalunya, tempat yang dia tinggalkan demi kota, dan hubungan yang dia miliki dengan ayahnya.