Touta Konoe adalah seorang anak laki-laki biasa yang dibesarkan di sebuah kota kecil di pedesaan. Kehidupan duniawinya tiba-tiba berubah ketika mentornya, Yukihime, mengungkapkan dirinya sebagai seorang vampir; setelah menyelamatkan Touta dari luka yang mematikan, dia juga membuatnya menjadi abadi.

Touta muda yang sudah lama ingin menjelajahi dunia, akhirnya mewujudkan mimpinya untuk naik ke puncak Amanomihashira-sebuah menara yang mengarah ke luar angkasa-menjadi kenyataan. Dalam perjalanannya, ia menemukan sebuah perkumpulan rahasia yang berisi orang-orang abadi seperti dirinya yang disebut “UQ Holders.” Mendapatkan kawan-kawan baru dan bimbingan di sepanjang jalan, Touta memulai petualangannya yang unik dan ajaib.