Setelah memenuhi takdir mereka selama acara Yuuki Yuuna wa Yuusha de Aru, Klub Pahlawan Sekolah Menengah Sanshu-terdiri dari Yuuna Yuuki, Karin Miyoshi, dan kakak beradik Fuu dan Itsuki Inubouzaki-kembali beraksi, membantu mereka yang membutuhkan sedapat mungkin. Mereka juga telah mendapatkan anggota baru, seorang pahlawan dari masa lalu bernama Sonoko Nogi. Namun, pada akhirnya mereka menyadari bahwa seseorang yang seharusnya ada di antara mereka, Mimori Tougou, menghilang; jejak keberadaannya benar-benar hilang, kecuali ingatan para gadis.

Tanpa petunjuk mengenai keberadaan Tougou, para gadis ini mendapatkan kembali kemampuan untuk bertransformasi dan mulai mencari teman mereka yang hilang. Namun, apa yang mereka temukan lebih mengejutkan daripada yang bisa mereka bayangkan, dan konsekuensi dari tindakan mereka mulai mengubah kehidupan yang mereka ketahui.